В 2006 году возведено новое здание МОУ "Средняя общеобразовательная школа № 12" на месте, где ранее располагалась начальная школа № 3, преобразованная из церковно-приходской школы (по архивным документам ЦПШ была сформирована до 1917 г.).

В 1936 году рядом с начальной школой № 3 построено здание, где расположилась политехническая школа № 9. Решением Горисполкома от 15.05.1959 г., решением исполкома Мособлсовета от 15.08.1960 г., приказом ГорОНО № 223 от 15.02.1961 г. начальная школа № 3 объединяется с 8-летней школой № 9 в "Базовую восьмилетнюю школу № 12".

В 1989 году «Базовая восьмилетняя школа № 12» преобразована в "Среднюю общеобразовательную школу № 12"

С 2007 года школа функционирует как МОУ "Средняя общеобразовательная школа № 12 "Центр образования"

По итогам аккредитации в 2009 года школе происвоен статус МОУ "Средняя общеобразовательная школа №12 с углубленным изучением отдельных предметов "Центр образования".